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o Herramientas de la linea de comandos o
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=  copiar, mover, borrar (cp, mv, rm)  =
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Esto fue dicho en muchos lugares, pero nunca está de más.

cp = copiar
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El comando cp copia un archivo y crea uno nuevo igual al anterior, en
el lugar que elijas y con el nombre que quieras.
Todo en un solo paso.

Sintáxis:
$> cp /archivo_origen /archivo_destino

Se pueden copiar varios archivos:
$> cp archivo1 archivo2 archivo3 /destino

Se pueden copiar todos los archivos usando *.* o seleccionar los que
tengan determinada extensión:
$> cp /*.txt /destino

También se puede copiar un directorio completo usando la opción -r,
que significa 'recursivo':
$> cp -r dir1 dir2

mv = mover
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Podés mover un archivo y/o renombrarlo con el comando mv (no sean
como yo, que estuve varios minutos buscando el comando rename).
Es como cortar y pegar, solo que además se le puede cambiar el nombre
al mismo tiempo.

Sintáxis
$> mv /archivo_origen /archivo_destino

Al igual que cp, con mv se pueden mover varios archivos o usar * -más
conocido como 'comodín'-

rm = borrar
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Elimina el archivo que le pidas. Simple y letal.
Sintáxis:
$> rm /archivo

Con la opción -d se puede eliminar un directorio siempre y cuando
esté vacío.
Con la opción -r se puede eliminar un directorio y todos sus archivos
y subdirectorios con sus respectivos archivos.

Opciones comunes
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Hay varias opciones que son comunes a los tres comandos.

-i = interactive
  Por lo general, el sistema supone que sabes lo que haces y no va a
  preguntar si querés sobreescribir o borrar un archivo preexistente.
  Solo se limitará a pasar la guadaña y adiós.
  Esta opción es para que pregunte en caso de que eso suceda -hay
  quien lo pone como regla en estos comandos usando alias-.

-u = update
  Disponible para los comandos cp y mv (obviamente), sólo moverá los
  archivos si no existen previamente o si los preexistentes son más
  antiguos. Lo que se dice, actualizar.

-v = verbose
  El modo verborrágico te avisa de todo lo que hace. Ideal para los
  obsesionados del control.

Hay un par de opciones más, pero estas tres son las más usadas.

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* Bono extra *
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La wiki de texto-plano tiene un tutorial sobre el uso básico de la
terminal. Ideal para dar tus primeros pasos y perderle el miedo para
siempre.
https://wiki.texto-plano.xyz/doku.php?id=aprende_a_usar_la_terminal